Uncategorized « Ar13s’s Weblog

STRUKTUR FISIK GENOM Escherichia coli October 9, 2008

Filed under: Uncategorized — A2-6133 @ 1:50 am

STRUKTUR FISIK GENOM Escherichia coli

Nama : Ari Wijayanti

NIM : B1J006133
Kelas : A2
Email : arii_w@yahoo.co.id
Web : http://ar13s.wordpress.com
Jenis Topik : A2-AG7

Prokariotik dibedakan menjadi dua berdasarkan karakteristik genetik dan fitur biokimianya yaitu bakteri dan archea. Pada bakteri Escherichia coli struktur genomnya berupa DNA rantai tunggal yang melingkar disebut supercoil. Suparcoil terjadi ketika rantai tungal pada pita DNA berubah menjadi rantai ganda (suprcoil positif) atau ketika rantai ganda terlepas menjadi rantai tunggal dan membentuk bulatan (supercoil negatif).

Gambar 1. Supercoil
Sumber:Figure 2.17 (Brown, 2002)

Dari gambar diketahui, pada bakteri E.coli supercoil terbentuk dari pelepasan rantai ganda dari DNA. Supercoil semacam ini disebut supercoil negatif. Pada bakteri E.coli K12 yang memiliki genom berukuran 4.6 mb, pola supercoil ini terjadi karena panjang sekuen genom melebihi ukuran sel E.coli. Panjang sekuen genom sekitar 16 milimeter sedangkan ukuran sel E.coli hanya sekitar 1×2 mikrometer.

Gambar 2. Escherichia coli K12
Sumber: www.bats.ch/…/pathogenic_escherichia_coli.gif

Gambar 3. Model struktur nukeoid E.coli
Sumber : Figure 2.18 (Brown, 2002)

Dari gambar dapat dilihat ada sekitar 40 sampai 50 supercoil DNA loop yang terpancar. Untuk melakukan putaran diperlukan protein sebagai energi. Protein diperolah dari sel. Dari setiap loop terkandung sekitar 100 kb supercoil DNA.
Meskipun genom prokariot diawali oleh penelitian pada genom E.coli, namun salah apabila E.coli dianggap sebagai gambaran umum semua prokariotik. Faktanya beberapa genom memiliki pengorganisasian yang sama, namun beberapa diantaranya lebih kompleks. Contohnya Borrelia burgdorferi B31,yang memiliki kromosom lurus sebear 91 kb dan membawa 853 gen serta di kelilingi oleh 17 sampai 18 molekul lurus dan bulat yang menyumbang 53 kb dan membawa 430 gen.

Daftar Pustaka :
Brown, T. A. 2002. Genomes, Second Editions. John Wiley and Sons Inc.,New York.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5520
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=genomes.figgrp.5521
diakses tanggal 23 September 2008 pukul 16.00 WIB

Situs Terkait :
http://www.bats.ch/bats/publikationen/1996-1_e.coli/96-1_e-coli_k12.php
www.bats.ch/…/pathogenic_escherichia_coli.gif
diakses tanggal 23 September 2008 pukul 16.00 WIB

May 9, 2008

Filed under: Uncategorized — A2-6133 @ 1:20 pm

Enterobacter sakazakii kadang-kadang ditemukan dalam susu formula bubuk dalam kadar yang rendah. E. sakazakii tidak dapat tumbuh dalam media standar yang biasanya untuk tumbuh Enterobacteriaceae dan coliform bacteria. Ada 3 media yang digunakan untuk mengisolasi E. sakazakii yaitu Enterobacteriaceae enrichment broth (EE), E. sakazakii selective broth (ESSB) dan modified lauryl sulfate broth (mLST). Selain media ini, ada satu media yang sangat memungkinkan bagi E. sakazakii untuk berkembang optimal. Media yang dimaksud adalah E. sakazakii enrichment broth (ESE).

Dari penelitian, 100% E. sakazakii tumbuh pada medium ESE , sedangkan pada medium lain ( EE, ESSB, mLST) 2-6% tidak tumbuh dan berkembang. Bakteri ini diproses oleh aktivitas α-glucosidase, nomor seleksi dan chromogenic agar dan di isolasi berdasarkan enzim yang dikembangkan. Dalam Tryptone Soya Agar (TSA) yang diletakkan pada suhu 25^oC, sekitar 2% bakteri sakazakii yang tidak membentuk pigmen warna kuning. ESE diformulasikan untuk mendukung perkembangan E. sakazakii. Sebagian besar E. sakazakii tidak mengandung α-glucosidase-positif tetapi mengandung α-glucosidase-negatif sehingga dapat dibedakan dalam chromogenic agar. E. sakazakii berkembang seluruhnya dalam ESE pada suhu 37^oC tapi 2-4% strains E. sakazakii tidak terdeteksi dalam EE. Semua strains membentuk koloni yang berwarna merah dalam violete red bile glucose agar (VRBGA) dan violete red bile lactose agar (VRBGL). Pada suhu 37^oCdan 44^oC, 99% dari E. sakazakii tumbuh dalam Druggan-Forsythe-Iversen (DFI) dan hanya 96% yang tumbuh dalam E. sakazakii Isolation Agar (ESIA).